Ťažko povedať kde urobil Chaloupecký chybu, Najnadanejśí žiak historika Pekařa, ktorého po odchode zo Slovenska nasledoval v kresle šéfa katedry československých dejín Univerzity Karlovy vynikal usilovnosťou i nadaním, silno však podcenil povestný "prvý gombík" a už sa mu nijako nepodarilo sa dobre pozapínať. Tým prvým gombíkom bola úvaha, ktorú Chaloupeckého druh Opočenský zhrnul slovami:
„To Slovensko v našem programu se mi zdá jednou, že je hodně imperialistické. Odvolávám li se na program státoprávní, jakým právem jdu proti Uhrám a trhám jich stát? Odvolávám-li se na přirozené právo, jakým právem odpírám je Němcům? Přece moment strategické hranice, moment celitvosti země je moment imperialistický. A přece jen to člověk cítí, že máme právo na ty Slováky a na celou zemi. Tu zemi jsme my celou skropili potem naší dějinné práce i v těch zněmčených krajích. Leží tam naše bojiště ze včerejška i z dnešní kulturní práce. A přestat program slovenský dnes,když aspoň v řadě hlav se rozbřesklo tam pod Tatrami? Ve jménu té velké naděje, kterou jsme vlili do lidu zde i tam, dnes není místo na trase zpátky. A jsem rád, že to cítíš také tak. (...) Cítím, že si vytváříme novou filozofii svých dějin: myslím, že odlišnou od těch, kteří nás učili. (...) To Slovensko chci ne proto, že je bohaté, ale proto, zeje tam bratr můj a já mám povinnost vésti ho k lidskému životu."
Novú česko-slovenskú filozofiu dejín sa Chaloupeckému a jeho druhom - českým "kufríkovým profesorom" bratislavskej univerzity vytvoriť nepodarilo, zato svojimi prácami búrajúcimi romantické mýty martinskej politickej reprezentácie si dokázal svojich slovenských žiakov dokonale odcudziť. A úsilím jeho a jeho druhov sa podarila ešte jedna vec, a to naštartovať kontraselekciu v kruhoch slovenskej inteligencie, ktorej plody žneme dodnes. Chaloupecký napríklad nemohol pochopiť, ako nelojálne sa k nemu zachoval jeho najnadanejśí študent a protežant Daniel Rapant, ktorý veľmi skoro pochopil, ako možno po straníckej linke cez Hodžu a Štefánka efektívne riešiť akademické problémy.
Ku koncu prvého desaťročia svojho pôsobenia v Bratislave sa mu začali črtať obrysy krachu jeho snaženia:
Zatímco Rapant stoupal po kariémím žebříku, Chaloupecký rekapituloval své dosavadní působení na Slovensku. Učinil tak po téměř čtyřletém období nejistot a bojů, během nichž Univerzita Komenského trpěla hrubým podfinancováním, přestože její profesor Milan Hodža byl ministrem školství. Docházelo k neustálým administrativním průtahům při potvrzování profesur včetně definitivy pro Vladimíra Klecandu a Josefa Borovičku a ve vypjatých chvílích se dokonce šířily zvěsti o možném zrušení bratislavské filozofické fakulty. Když se Chaloupecký z rozhovoru s Františkem Sedbu, „osobním tajemníkem" ministra Hodži dozvěděl, že v politických kuloárech se uvažuje o likvidaci léta pracně budovaného ústavu, obrátil se pro radu opět na Josefa Šustu a vylíčil mu sílící tlak na politizaci univerzitního prostředí: „Hodža by si tuším přál, aby se věda na filozofické fakultě více řídila podle jeho politiky a také jí více sloužila. A tak nevím, odkud vítr vane. To je jisté, že filoz[ofická] fakulta, jakožto nejživější z celé univerzity, nikomu na Slovensku dosud k srdci nepřirostla. Každý by si přál, aby fakulta dělala něco jiného, než vlastně dělá. A nespokojenost je především v tom, že se těm českých chas-níkům nedá dosti dobře poroučet. Před jistým časem mluvil jsem o naší univerzitě a specielně o naší fakultě s [Vladimírem] Fajnorem, který tlumočil mi asi názor Slováků na univerzitu v tom smyslu, že než univerzitu, jaká je, Slováci prý nechtějí raději žádnou." Mnozí z českých profesorů propadali chmurám a zpochybňovali smysluplnost vlastního snažení. Ani Chaloupecký se nezdržel otevřené skepse a Josefu Pekařovi se svěřil: „Taky nějak ztrácím zájem o Slovensko. Jsem stále předmětem osobních útoků, ba stále označován v slovenských kruzích za osobu krajně nepohodlnou a nevítanou. Vítr ovšem vane z Martina - ale podle něho - jako tak často - se točí jak luďáci, tak slovenští agrárníci. Jsou to většinou takové malicherné věci a vzdálenějšímu pozorovateli snad nepochopitelné. V podstatě jedná se však o hrubý despotismus a šovinismus slovenské veřejnosti, vychované šovinismem a despotismem maďarským, který se nyní vybíjí proti nám. A Hodža, jediný schopný politik slovenský, který byl však hradem a snad i Švehlou vehnán do náručí ludové strany, aby se udržel, popouští tomuto směru nyní uzdu. V pozadí ovšem je vždy a ve všem Pešť, která velmi obratně dovede využívat těchto dětských mozků. Těšil jsem se, že v Rapantovi, kterého teď habilitujeme, získám mladšího druha, s nímž by si bylo možno rozuměti; ale v poslední době (zamiloval se tu do jedné herečky, která je v Slov. nár. divadle jaksi exponentkou slovenství) také podléhá onomu nezdravému slovenskému šovinismu. A tak znovu a znovu lituji smrti Heidlerovy."
Půl roku poté přisadil: „Cítím, že tu překážím: Čech Slovákovi. Ve skutečnosti to není ani pravda, ale Rapant a s ním slovenská veřejnost vidí tu tak trochu v mé osobě překážku Rapantovy kariéry a že cizí jí tu chléb, který by mohl patřiti domácímu. Víte, jak jsme už mluvili o Rapantově habilitaci a že byl habilitován ihned, jakmile podal spis. Přes to snad celá slovenská veřejnost je přesvědčena, že k habilitaci Rapantově došlo až na nátlak Hodžův, kterému jsem musel ustoupiti. Samozřejmě nic takového nebylo. A Rapant, který to vše ví, nechává se takto podporovati slovenskou společností a veřejností. Věřte mi, někdy je tu dosti těžko zachovati klid a zdravý rozum."
Chronológia k československému rozkolu po roku 1918 na Watson.sk: